Os Grupos de Trabalho (GTs) reúnem pesquisadores de diversas áreas e temáticas e têm a finalidade de integrar nacionalmente as atividades de pesquisa em Filosofia. Os GTs têm estruturas diversas, constituídas a partir de regras gerais da ANPOF, e suas atividades estendem-se para além dos Encontros Nacionais. Nos Encontros, seu papel é central, pois são responsáveis pela avaliação dos trabalhos a eles submetidos e pela organização da agenda de apresentação, além de proporem mesas temáticas, minicursos e outras atividades.
